患者使用前应注意先摇匀，使用前后都要洗手。如果溶液泄漏或有颗粒，请勿使用。请勿将容器尖端接触眼睛、盖子或其他皮肤。向后仰着头，将药物滴入眼睛。使用后，请闭上眼睛。向内眼角施压。这样做1到2分钟。这使药物留在你的眼睛里。避免佩戴隐形眼镜，除非医生要求佩戴。

应用那他霉素滴眼液治疗真菌性角膜炎的最佳开始剂量为每次1滴，每1-2小时1次，定时将那他霉素滴眼液涂于上皮溃疡处或滴于穹窿部。3-4天后改为每次1滴，每天6-8次。治疗一般要持续14-21天，或者一直持续到活动性真菌性角膜炎消退。大多数病例，每隔4-7天逐渐减少药物使用剂量，对确保消除病原体的复制是非常必要的。治疗真菌性睑炎和结膜炎初始剂量可以小一些，每次1滴，每天4-6次。使用本品后7-10天后，若角膜炎没有好转，则提示引起感染的微生物对那他霉素不敏感。另外即使你的体征有所好转，也要按要求使用。