由于长时间的使用和不适当的用药，可能会导致细菌对贝达喹啉产生耐药性。如果患者对贝达喹啉出现耐药情况，通常需要进行耐药处理，但必须在医生的指导下进行。
将贝达喹啉与其他有效的抗结核药物组合在一起，以增加治疗的有效性。这样可以提高细菌的药物暴露，并减少细菌发展耐药性的机会。有证据表明，与不含贝达喹啉的方案相比，含贝达喹啉的方案更有可能成功治疗耐多药结核病患者。根据患者的情况，调整贝达喹啉的剂量，以确保药物在体内的浓度能够有效杀灭细菌。这可能需要通过监测血药浓度来确定最佳剂量，但这必须由医生决定。通过延长患者的治疗时间，以确保细菌被彻底清除。这可能需要将贝达喹啉的治疗时间延长到更长的周期，以增加对耐药菌株的杀灭效果。