大多数人不会经历所有列出的尼拉帕尼的副作用。研究中最常见的副作用是低血细胞计数，即血小板减少 (61%的患者，29%的严重患者)，贫血症(50%的患者，25%的重度患者)和嗜中性白血球减少症(中度患者30%，重度患者20%)。其他主要是轻度到中度的副作用包括恶心，发力，以及便秘。在一项持续250天的研究中，15%的患者由于不良反应不得不永久停用尼拉帕利。
服用尼拉帕尼应注意可能会导致骨髓异常增生综合征或急性淋巴细胞白血病，重则危及生命，如有上述疾病的确诊，应该立即终止服药。也可能导致骨髓抑制，注意在治疗第一月内应每周检测全血细胞计数，后期每月一次，若有临床需要，随时更新检查。也有可能导致高血压甚至高血压危象，治疗第一年内，应每月检测血压和心率，并伴随定期检查。本身患有高血压、心律失常、冠状动脉供血不足的患者，必须严格重视此类症状。服用尼拉帕尼期间应避免怀孕或者使妇女受孕(在治疗期间以及治疗结束期至少六个月内)。