大多数人不会经历所有列出的尼拉帕尼的副作用。研究中最常见的副作用是低血细胞计数，即血小板减少 (61%的患者，29%的严重患者)，贫血症(50%的患者，25%的重度患者)和嗜中性白血球减少症(中度患者30%，重度患者20%)。其他主要是轻度到中度的副作用包括恶心，发力，以及便秘。在一项持续250天的研究中，15%的患者由于不良反应不得不永久停用尼拉帕利。副作用的发生、持续时间和严重程度通常是可以预测的。当然也有许多方法可以帮助减少或防止副作用，具体可以资讯相关方面专业的医生。副作用的存在或副作用的严重程度与药物疗效之间是没有关系的。
尼拉帕尼可能导致骨髓异常增生综合征或急性淋巴细胞白血病，重则危及生命，如有上述疾病的确诊，应该立即终止服药。也可能导致骨髓抑制，注意在治疗第一月内应每周检测全血细胞计数，后期每月一次，若有临床需要，随时更新检查。也有可能导致高血压甚至高血压危象，治疗第一年内，应每月检测血压和心率，并伴随定期检查。本身患有高血压、心律失常、冠状动脉供血不足的患者，必须严格重视此类症状。服用尼拉帕尼期间应避免怀孕或者使妇女受孕(在治疗期间以及治疗结束期至少六个月内)。