尼罗替尼具有许多副作用，包括头痛、疲劳、胃肠道问题如恶心、呕吐、腹泻和便秘、肌肉和关节痛，皮疹以及其他皮肤状况、流感样症状和血细胞计数减少。不太典型的副作用是心血管系统的副作用，如高血压、各种类型的心律不齐，并延长QT。尼罗替尼也会影响身体的电解质和葡萄糖平衡。虽然与伊马替尼和达沙替尼相比，肺部相关的不良反应很少，但有一例服用尼罗替尼的患者因弥漫性肺泡出血导致急性呼吸衰竭的病例报告
在美国，尼洛替尼有一个警告，表示可能有心脏并发症。禁忌症包括延长QT综合征、低钾血症、低镁血症、妊娠、计划妊娠、哺乳和半乳糖/乳糖不耐受。
副作用的频率和严重程度因人而异，这还取决于您正在接受的其他治疗。例如，如果你同时服用其他药物或放疗，你的副作用可能会更严重。如果对该药物产生副作用，应当及时就医。