最常见（>20%）不良反应为腹泻、皮疹、恶心、口腔炎、呕吐、食欲下降、甲沟炎、乏力、皮肤干燥和肌肉骨骼疼痛。最常见（≥2%）3级或4级实验室指标异常为淋巴细胞下降、淀粉酶升高、脂肪酶升高、低钾、血红蛋白下降、肌酐升高和低镁。

AP32788-15-101研究，114例EGFR外显子20插入突变的局部晚期或转移性NSCLC患者，莫博替尼160mg每天一次，60%的患者服药超过半年，14%的患者服药超过一年。46%的患者发生严重不良反应，最常见（≥2%）的严重不良反应为腹泻、呼吸困难、呕吐、发热、急性肾功能损伤、恶心、胸水和心衰。1.8%的患者发生致命不良反应，包括心衰（0.9%）和肺炎（0.9%）。17%的患者永久停药，最常见的原因为腹泻和恶心。51%的患者暂停给药，最常见的原因为腹泻、恶心和呕吐。25%的患者减量，常见的原因为腹泻。