索尼德吉Sonidegib会出现以下严重副作用：
常见：移动困难；关节痛；肌肉疼痛或痉挛；肌肉疼痛或僵硬；肌肉痉挛；肿胀的关节；
罕见的：深色尿液；发热；肌肉僵硬；不寻常的疲劳或虚弱；
可能会出现一些索尼吉的副作用，通常不需要医疗护理。随着你的身体适应药物，这些副作用可能会在治疗过程中消失。常见：腹部或胃部疼痛；口味的改变；食欲下降；重量减少；腹泻；头发脱落或者头发稀疏；头痛；发痒的皮肤；味觉丧失；恶心；呕吐。
除上述副作用以外还可能会出现肌肉骨骼不良反应：索尼德吉和其他抑制hedgehog (Hh)途径的药物会出现肌肉骨骼不良反应，可能伴有血清肌酸激酶(CK)升高。
12项临床研究的汇总安全性分析涉及571名接受索尼德吉治疗的各种晚期癌症患者，剂量范围为100 mg至3000 mg，其中一名接受索尼德吉 800 mg治疗的患者(0.2%)出现横纹肌溶解症(定义为血清CK增加超过基线值10倍，同时血清肌酐增加超过基线值1.5倍或更多)。
在BOLT研究中，每天服用索尼德吉200 mg的患者中有68% (54/79)发生肌肉骨骼不良反应，其中9% (7/79)报告为3级或4级。作为不良事件报告的肌肉骨骼不良反应最常见的表现是肌肉痉挛(54%)、肌肉骨骼疼痛(32%)和肌痛(19%)。61% (48/79)的患者出现血清CK实验室值升高，8% (6/79)的患者出现3级或4级血清CK升高。肌肉骨骼疼痛和肌痛通常先于血清CK升高。在CK升高2级或更高的患者中，中位发病时间为12.9周(范围:2至39周)，中位缓解时间(至≤1级)为12天(95% CI: 8至14天)。8%的患者因肌肉骨骼不良反应而暂时中断或永久停用索尼德吉。需要药物干预(补充镁、肌肉松弛剂和镇痛剂或麻醉剂)的肌肉骨骼不良反应的发生率为29%，包括4名接受静脉补水或住院治疗的患者(5%)。